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協同乳業研究所

03/25
ランチョンセミナー(日本農芸化学会)で話します

3月24日から日本農芸化学会2019年度大会を開催しています。
春場所の千秋楽の日からですね。

最近の我々の研究内容が、少々農芸化学会という分野から外れていることもあり、
不参加の予定だったのですが、
ランチョンセミナーを頼まれましたので、その日のみ限定的に参加します。

ランチョンセミナーとは、学会参加者が、昼休みの時間にランチを食べながら聴講するセミナーのことです。大体40~50分間です。
私が知る限り、企業が関連分野の専門家に講演をお願いし、ついでにちょっと自社宣伝するというスタイルが多いです。
もちろん、本気で自社商品やサービスを宣伝するセミナーもあります。
学会参加者は、弁当が無料で食べられ(主催企業が用意)、情報もゲットでき、昼休みも無駄にしなくてよいため、良い事だらけであり、基本的には超満員になります。

私が頼まれているのは、3月26日開催の、ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ(株)さん主催のセミナーです。

「メタボロミクスを利用した腸内細菌叢の代謝系の解析とその応用」

20190325.jpg

食事しながらウンコの話をされたら困る方にはお薦めできません。
あるいは、さっさと弁当を食べ終えることを推奨致します。

一方HMT(株)さん曰く、
「皆さん、講師の名前を見た時点で、それはわかって聴きに来られるので問題ないですよ」
だそうです。ほんまかいな・・・。

また、私は、HMT社が、私のウンコ実験で必ず登場する「ひじき」が入った弁当を発注しているか否かに注目しております。

興味がある方は、当日は早めに会場に行ってチケットをゲットして下さい!

03/15
解説記事が掲載されました(バイオサイエンスとインダストリー)

昨年、Science Advancesに掲載されました論文内容に関して、
執筆の依頼を受けた解説記事が、
バイオサイエンスとインダストリー(第77巻1号)に掲載されました!

腸内細菌(口から投与されたプロバイオティクスも含めて)は、
それぞれが腸管腔内の限られた環境中で、
(環境には食由来成分も含まれる.本ケースではアルギニンが鍵となる成分である)
サイズは小さいが、複雑でダイナミックな生存競争を繰り広げているのですが、
各細菌ケース・バイ・ケースの生き残り戦略が絡み合った結果、
我々の健康維持に役立つポリアミン(プトレッシン)が、
副産物(ゴミ)として、菌体外(腸管腔内)に放出されることを明らかにした論文です。

解説記事のタイトルは、
腸内細菌叢による「ハイブリッド・ポリアミン生合成機構」
です。

20190315.JPG

「トピックスとして2ページにまとめて欲しい」と頼まれたため、
頑張ってコンパクトに仕上げました。

興味がある方は、ご一読下さい。

03/08
2019年大相撲三月場所が始まります

三月場所が始まります!

3月は激務中にも関わらず集中力が安定せず、
大相撲を割り切って楽しむことで、心に余裕を持ってメリハリを付けたい気分です。

先場所、稀勢の里の引退を当ブログで予想したら現実になってしまいました。
今場所は、貴景勝の大関昇進と普通に書いておきたいところですが、
敢えて、鶴竜の途中休場、来場所は引退かける場所になると予想します。
直感です。
少々、栃ノ心も心配です...

職場に新番付掲示済み!

20190308.jpg

春日野勢の地位を確認後、
元大関の照ノ富士を必死で探してしまいました。
序二段まで落ちています。
大相撲に詳しくない研究系・生物系の読者のために敢えて書きますと、
この番付の一番上の列、しかも東西の右側のかなり大きな文字で載っていた力士が、
たった1年半程度で、下から2段目の地位まで下がってしまったのです。
厳しい世界です。

ちなみに、番付表において下から2段目なので、この地位のことを序二段といいます。

では、大相撲ファンの皆様、15日間、楽しみましょう!

03/04
俺の梅 開花! 2019

俺の梅(紅梅)は、2月20日に開花し、只今満開です。
今年は、2月に入ってから寒かったせいか、開花が遅かったです。

20190304.JPG

一昨年、生死の境をさまよい、1輪の花も咲かせなかったこの梅盆栽ですが、
なんとか持ち直してくれました。
肥料には油糟が合うようです。

夏場に、じっくり育てた左下の短い枝に10輪程の花が咲きました。
これにより、少々樹形のバランスがよくなったと自画自賛しております。

梅が散れば、間もなくスケジュールが埋まっている春が訪れます。
もう少し梅の季節であって欲しい...。
そんなノスタルジックな気分に浸る今日この頃です。

02/25
発表! 2018年 年間排便回数

お待たせしていた、昨年のウンコ回数を発表する。

なんと、
452回
1.24回/日

感想を一言で述べると、「少な~」である。
ビフィズス菌LKM512に因んで、512回を目指していた頃とは大きく異なる。

月毎に集計した排便回数データを図1に示す。

20190225-1.jpg

ウンコを意識して茶色の棒グラフにした。
無数のグラフを作成してきた研究人生であるが、茶色バーは初めてである。
本題に戻す。
図より、特別にイレギュラーなことが起きたわけではないことがわかる。
全体的に年間通して排便回数が少なくなっていることを示している。

私は2014年に年間512回という「ぴったり賞」を達成している。
その後、特に512回を目指しているわけではないので、
2018年の数値は、「目標未達、大幅に下回っている」と落ち込む必要はない。
しかし、なんか悔しい。

普段から、ここ数年、ウンコ回数が減っている気がしていた。
「ウンコもれそう~」となる頻度が少ないからである。
そこで、年間総排便回数の変遷データを整理してみた(図2)。

20190225-2.jpg

こちらの折れ線グラフのマークと線もウンコを意識して茶色にした。
2013年に最高値536回を記録してから、毎年、徐々に低下していることが明らかとなった。
2013年と比較すると2018年は84回も減少している。
年間15回程度、一定レベルで減少している。

その理由であるが、食べる量に比例していると考えられる。
4-5年前より、睡眠を大切にしており、
「最高の睡眠」と「最高の目覚め」を演出するためには、
睡眠に入る時に腹が膨らんでいないことが重要との独自の結論を出し、
夜の帰宅後に食事を摂らないことが増え、今では、殆ど食べない。
自社通販で購入している「おなかにおいしいヨーグルト(無糖)」に、
自宅にあるフルーツを入れて食べるのみ。
22時を過ぎると、それすら食べない。
つまり、ウンコの原料である食事量が減っているので当然の結果といえる。
まさに、食べた量とウンコ量は比例しているのである。

それにしても、知らない内に、10年間もデータを取り続けたことになる。
ここまで正確な1個体の排便回数データは他にないと自負している。
排便時間、場所、シチュエーションもデータ化しているので、
ゆっくりできる休日があれば、もう少し詳細に分析してみようと思う。

世の中、排便管理アプリなるものが流行っているようで、
たまに意見などを求められることがある。
個人的には、こんなことを金儲けに繋げようとする行為にはうんざりしている。
どんなアプリを使おうが、正確に記録をするのは個人の資質に依存する。
そして、私のように徹底した性格でない限り、殆どの人は継続できない。
つまり、私から言わせれば、アプリなど必要ない。
さらに大事なことは、きっちり記録したところで、正直、健康に関わる本質的なことは何もわからない。
せいぜい得られることは、
「あの時、食あたりで酷い下痢になったな~」などと懐かしむことと、
「オレの年間排便回数は500.7回、1日あたりにすると1.371回、10年データ取ってるからめちゃくちゃ正確! 最近減って来てるけどな。」と飲み会で威張れる程度であろう。
もちろん、相手が好反応を示す保障は微塵もない。

02/21
論文が掲載されました(Scientific Reports)

昨年末ですが、㈱島津製作所と大阪大学工学研究科との共同研究の成果をまとめた論文が掲載されました!(Twitterでは報告済みです)

タイトルは、
Free D-amino acids produced by commensal bacteria in the colonic lumen.
日本語では、「結腸内細菌が作る遊離D-アミノ酸」

これまで、超微量なD-アミノ酸(※)を測定するのが非常に困難で、
時間もかかっていたのですが、
大阪大学工学研究科の福崎英一郎教授が、殆どのD型の基本アミノ酸の測定が高感度でスピーディーに測定する方法を開発され、
㈱島津製作所がそれを応用した測定系を完成させ、
私がお話を頂き、ウンコ研究に応用して論文化したということです。

※D-アミノ酸(D型アミノ酸):アミノ酸はL型とD型が存在します(グリシンを除く)。これを、化学用語では光学異性体(分子構造が鏡像関係)といいます。長年、生物界に存在するアミノ酸はL-アミノ酸のみと考えられていたのですが、近年、分析技術の進歩に伴い、D-アミノ酸が非常に微量ではあるものの広く存在していることが確認され、しかも生理機能を有していることが明らかになりつつあり、注目されています。

研究の結果、過去に腸の内容物からは見つかっていなかったD-アミノ酸が沢山発見されました!
しかも、それらの殆どは、腸内細菌により産生されていることがわかりました。

これ、まぁまぁ凄い発見で、日本経済新聞(電子版)等でも取り上げてもらいました。
腸内細菌が宿主に与える様々な影響の中には、D-アミノ酸が絡んでいるものがある可能性は十分に考えられますので、将来に繋がる研究成果です。

論文はフリーで閲覧できます(⇓)
https://www.nature.com/articles/s41598-018-36244-z

英語が嫌な方はリリースを出しております(⇓)
https://www.lkm512.com/contents/20181221.pdf

わかり易い英語(専門性が低い英語)が良い方はこちら(⇓)。
このブログの読者にそんな人はいないと思いつつ...)
https://www.shimadzu.com/news/9psz9ntuogzc2e6j.html
島津製作所さんの英語リリースです。
さすが、我が国No.1の精密分析機器製造企業! 世界中のユーザーに発信です。

「こんな研究して、また何か企んでるの?」
と質問を受けますが、考えてないわけないですよね。
もちろん秘密です。

02/01
2018年度版 野菜作ってます11 (Final) 

全て片付けました。
今年度の野菜作りを終えると同時に、
ここでの野菜作りから引退することにしました。

迷いましたが、次のステップに進むために!

研究は、努力してもうまくいかないことは多々ありますが、
野菜作りは、天災を除けば、手を掛ければ掛けるだけ返って来たので、
心のよりどころではあったのですが...。


最後日に収穫しなければならなかったのが大量のニンジンです。
畑を冷蔵後代わりに使っておりましたもので、
掘れば、わんさか出てきました。
20190201-1.JPG

小さいものも合わせると50本位と、間違いなく食べ切れないので、
職場に半分をお裾分けしました。

最後の収穫物は、向うの方に見えるホウレン草
20190201-2.JPG

大した量に見えないでしょうが、実際は、野菜室には入り切らない量です。
30 cm位のビニール袋だと4~5袋分の収穫でした。


最後は、写真の通り、全ての作物を片付けて、
少し耕して園主さんに返却です。

最後は少々悲しくなりまして、
畑に一礼して去りました。

9年間、色々と学ぶことができました。
本当にありがとうございました。

01/18
論文が掲載されました(BMC Microbiology) つづき

前回紹介した論文なのですが、一つ、伝えたいことを忘れていました。

BMC Microbiology 18:188, 2018
https://bmcmicrobiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12866-018-1311-8


この論文では、国内の主要な3つのブリーダーのマウス腸内細菌叢も16S rRNA遺伝子アンプリコンを対象に次世代型DNAシーケンサーで調べています。

マウスの腸内細菌叢が異なれば、
得られる様々な表現型データも異なるであろうことが容易に推測されますが、
実際にどれくらい腸内細菌叢に差異があるのかは明確にはなっていません。
密かに調べて悩んでいる研究者はいるでしょうが、
私の知る限り、誰も論文化はしていないと思います。

敢えて、知らない方が幸せな研究者は沢山いるとは思いますが、
気になって仕方なかったので...。
予想通り、ブリーダーにより腸内細菌叢は異なります。

本研究のメインの研究目的ではなかったので、3ブリーダーの通常腸内細菌叢のみを詳細に比較したデータは示してはおりませんが、得られた配列データは登録されておりますので、必要な方はご自分でダウンロードして比較して頂くことはできます。
DDBJのデータベースのアクセッション・ナンバーはDRA004549です。
ブリーダー名の後ろにAが付いていないサンプルが、未処理、つまり通常菌叢のデータです。

今日は専門的な話ですいませ~ん。

01/17
論文が掲載されました(BMC Microbiology)

2ヶ月前で報告が滞っておりましたが、
我々とサッポロホールディングスさん、ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズさんとで実施した共同研究が、BMC Microbiologyに掲載されました!

タイトルは、
Taxonomic classification for microbiome analysis, which correlates well with the metabolite milieu of the gut
腸管内の代謝産物と相関する腸内細菌解析における分類階級
です。

なんのこっちゃ?
でしょうね。

腸内細菌に限らず、全ての生物は「種」に分類されています。
種とは、自然条件下で子孫を残すことができる生物集団です。
つまり、われわれは「ヒト」という種です。

また、系統分類学上では、
類似した「種」の集団を「属」という単位でグループにまとめ、
同様に、類似した「属」の集団を「科」という単位でグループにまとめ、
さらに同様に、類似した「科」の集団を「目」という単位でグループにまとめ、
もう一つ同様に、類似した「目」の集団を「綱」という単位でグループにまとめ、
もう一丁同様に、類似した「綱」の集団を「門」という単位でグループにまとめて表します。

「ホモ・サピエンス」 一度は聞いたことがあるでしょう。
これは、ヒトを指す学名ですが、ホモ属サピエンス種という意味です。
では、門のレベルまで含めてヒトを表すと、
日本語では、脊椎動物門 哺乳綱 霊長目 ヒト科 ヒト属 サピエンス種
ラテン語では、Chordate Mammalia Primates Hominidae Homo sapiens (属と種名はイタリック体表記が基本的ルール)
ヒトとチンパンジーの系統分類学上の違いは属レベルで生じます(チンパンジー属)
ところが、ヒトとウシの違いは目レベルで生じます(牛は鯨偶蹄目)
ヒトとタコの違いは門レベルで生じます(タコは軟体動物門)
進化の過程で古く分岐した生物とは上位の分類階級で別れているということです。

細菌も同様に系統分類されており(16S rRNA遺伝子の配列をベースに)、
我々が調べた腸内細菌叢も、この分類による学名で表記します。
その際、分類階級のどの階級を用いて結果を分析しても自由です。
従って、研究者によってバラバラなのです。
極端な話、肥満に対する腸内細菌叢の影響を調べる研究をしていても、
「門」のレベルで語っている研究者もいれば、「種のレベル」で語っている人がいるわけです。

この状況、少々、困りませんか?
地球上の動物を腸内細菌叢に置き換えて考えると(極端かもしれませんが)、
軟体動物と脊椎動物の比率で議論している人がいると思えば、
トノサマガエル、アフリカゾウ、ハラビロカマキリという次元で語っている人もいるわけです。
自由なので...。
しかし、私はかなり困惑し、苛立ちすら感じておりました。

そこで、自分達の目的に適した最適分類階級を決めてしまおうと思ったわけです。
我々は80匹弱のマウスのウンコを集めて、
生体への影響が大きい腸内細菌の産生する代謝産物を指標にして、
代謝産物の個体差とリンクする分類階級を探索することに挑戦しました。

つまり、我々が標的としている腸内細菌の代謝産物の研究を行うにあたり、
どの分類階級で分析すれば正しいゴールに近づき易くなるのか、
どの分類階級で分析された他人の論文データを参考として選択するべきか、
自分達で確認しようとしたわけです。

結論から述べると、
「科」より低い分類階級(つまり、科、属、種)で得た結果は、
代謝産物とリンクしていました。
門、綱、目のレベルで得た結果は、リンクしていなかったです。

もし、「私も困ってた」という研究者の方がおられましたら、ご参照下さい。
フリー・アクセスです。

BMC Microbiology 18:188, 2018
https://bmcmicrobiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12866-018-1311-8

本研究に関連するエピソードを書くとすると、これでしょうね。
筆頭著者のWakita氏は、80匹分のマウスのウンコを回収する際、
屈みこんで、排便を待ちながら1つ1つピンセットで回収するという、
丸一日におよぶ慣れない動作の繰り返しにより、
翌日、日常生活にも支障が出るレベルの強烈な全身痛に陥り、
(おそらく、足腰から背中・頸部におよぶ筋肉痛)、
飲み会を欠席しました(笑)。

01/11
2019年大相撲一月場所が始まります

初場所が始まります!

稀勢の里は出場するようですね。
稽古では貴景勝にも大勝して調子が上向きであると、
通勤中に車のラジオで聴きました。
ですが、信頼してはいけないと思います。
先場所も場所前は「優勝をねらう」とか発言していたと記憶しております。
望んではいませんが、今場所で引退もあり得るでしょう。

本人の調子も大事ではありますが、
特に、序盤に誰と対戦が組まれるかが最重要であると考えています。
そういう視点で番付表を眺めると、
対戦相手候補の中に、安心できる相手が殆どいないことに気付きます。
負けた次の日の対戦相手も大事です。
マニアックですが、審判部がどんな対戦相手を持って来るかを楽しみたいと思います。

20190111.JPG
職場にも掲示完了!
研究で脳ミソフル稼働の末に思考がストップした時に、
ふと、眺めながら春日野部屋の若い衆の名前を探すのが、私のリラックス法の一つ。
「3分で全員探すぞ!」みたいなマニアック且つ誰にも迷惑をかけない息抜き法であります。

今場所は、栃煌山幟を揚げています。
個人名、団体名、企業名と色々な贈り主の方がいますが、
バクテリア(ビフィズス菌)なのは我々の幟だけです。
是非、探してみて下さい。
幟写真コンテストも、久しぶりにやってみようかと考えています。

では、大相撲ファンの皆様、15日間、楽しみましょう!