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LKM512
メイトー
協同乳業研究所

02/21
論文が掲載されました(Scientific Reports)

昨年末ですが、㈱島津製作所と大阪大学工学研究科との共同研究の成果をまとめた論文が掲載されました!(Twitterでは報告済みです)

タイトルは、
Free D-amino acids produced by commensal bacteria in the colonic lumen.
日本語では、「結腸内細菌が作る遊離D-アミノ酸」

これまで、超微量なD-アミノ酸(※)を測定するのが非常に困難で、
時間もかかっていたのですが、
大阪大学工学研究科の福崎英一郎教授が、殆どのD型の基本アミノ酸の測定が高感度でスピーディーに測定する方法を開発され、
㈱島津製作所がそれを応用した測定系を完成させ、
私がお話を頂き、ウンコ研究に応用して論文化したということです。

※D-アミノ酸(D型アミノ酸):アミノ酸はL型とD型が存在します(グリシンを除く)。これを、化学用語では光学異性体(分子構造が鏡像関係)といいます。長年、生物界に存在するアミノ酸はL-アミノ酸のみと考えられていたのですが、近年、分析技術の進歩に伴い、D-アミノ酸が非常に微量ではあるものの広く存在していることが確認され、しかも生理機能を有していることが明らかになりつつあり、注目されています。

研究の結果、過去に腸の内容物からは見つかっていなかったD-アミノ酸が沢山発見されました!
しかも、それらの殆どは、腸内細菌により産生されていることがわかりました。

これ、まぁまぁ凄い発見で、日本経済新聞(電子版)等でも取り上げてもらいました。
腸内細菌が宿主に与える様々な影響の中には、D-アミノ酸が絡んでいるものがある可能性は十分に考えられますので、将来に繋がる研究成果です。

論文はフリーで閲覧できます(⇓)
https://www.nature.com/articles/s41598-018-36244-z

英語が嫌な方はリリースを出しております(⇓)
https://www.lkm512.com/contents/20181221.pdf

わかり易い英語(専門性が低い英語)が良い方はこちら(⇓)。
このブログの読者にそんな人はいないと思いつつ...)
https://www.shimadzu.com/news/9psz9ntuogzc2e6j.html
島津製作所さんの英語リリースです。
さすが、我が国No.1の精密分析機器製造企業! 世界中のユーザーに発信です。

「こんな研究して、また何か企んでるの?」
と質問を受けますが、考えてないわけないですよね。
もちろん秘密です。

02/01
2018年度版 野菜作ってます11 (Final) 

全て片付けました。
今年度の野菜作りを終えると同時に、
ここでの野菜作りから引退することにしました。

迷いましたが、次のステップに進むために!

研究は、努力してもうまくいかないことは多々ありますが、
野菜作りは、天災を除けば、手を掛ければ掛けるだけ返って来たので、
心のよりどころではあったのですが...。


最後日に収穫しなければならなかったのが大量のニンジンです。
畑を冷蔵後代わりに使っておりましたもので、
掘れば、わんさか出てきました。
20190201-1.JPG

小さいものも合わせると50本位と、間違いなく食べ切れないので、
職場に半分をお裾分けしました。

最後の収穫物は、向うの方に見えるホウレン草
20190201-2.JPG

大した量に見えないでしょうが、実際は、野菜室には入り切らない量です。
30 cm位のビニール袋だと4~5袋分の収穫でした。


最後は、写真の通り、全ての作物を片付けて、
少し耕して園主さんに返却です。

最後は少々悲しくなりまして、
畑に一礼して去りました。

9年間、色々と学ぶことができました。
本当にありがとうございました。

01/18
論文が掲載されました(BMC Microbiology) つづき

前回紹介した論文なのですが、一つ、伝えたいことを忘れていました。

BMC Microbiology 18:188, 2018
https://bmcmicrobiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12866-018-1311-8


この論文では、国内の主要な3つのブリーダーのマウス腸内細菌叢も16S rRNA遺伝子アンプリコンを対象に次世代型DNAシーケンサーで調べています。

マウスの腸内細菌叢が異なれば、
得られる様々な表現型データも異なるであろうことが容易に推測されますが、
実際にどれくらい腸内細菌叢に差異があるのかは明確にはなっていません。
密かに調べて悩んでいる研究者はいるでしょうが、
私の知る限り、誰も論文化はしていないと思います。

敢えて、知らない方が幸せな研究者は沢山いるとは思いますが、
気になって仕方なかったので...。
予想通り、ブリーダーにより腸内細菌叢は異なります。

本研究のメインの研究目的ではなかったので、3ブリーダーの通常腸内細菌叢のみを詳細に比較したデータは示してはおりませんが、得られた配列データは登録されておりますので、必要な方はご自分でダウンロードして比較して頂くことはできます。
DDBJのデータベースのアクセッション・ナンバーはDRA004549です。
ブリーダー名の後ろにAが付いていないサンプルが、未処理、つまり通常菌叢のデータです。

今日は専門的な話ですいませ~ん。

01/17
論文が掲載されました(BMC Microbiology)

2ヶ月前で報告が滞っておりましたが、
我々とサッポロホールディングスさん、ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズさんとで実施した共同研究が、BMC Microbiologyに掲載されました!

タイトルは、
Taxonomic classification for microbiome analysis, which correlates well with the metabolite milieu of the gut
腸管内の代謝産物と相関する腸内細菌解析における分類階級
です。

なんのこっちゃ?
でしょうね。

腸内細菌に限らず、全ての生物は「種」に分類されています。
種とは、自然条件下で子孫を残すことができる生物集団です。
つまり、われわれは「ヒト」という種です。

また、系統分類学上では、
類似した「種」の集団を「属」という単位でグループにまとめ、
同様に、類似した「属」の集団を「科」という単位でグループにまとめ、
さらに同様に、類似した「科」の集団を「目」という単位でグループにまとめ、
もう一つ同様に、類似した「目」の集団を「綱」という単位でグループにまとめ、
もう一丁同様に、類似した「綱」の集団を「門」という単位でグループにまとめて表します。

「ホモ・サピエンス」 一度は聞いたことがあるでしょう。
これは、ヒトを指す学名ですが、ホモ属サピエンス種という意味です。
では、門のレベルまで含めてヒトを表すと、
日本語では、脊椎動物門 哺乳綱 霊長目 ヒト科 ヒト属 サピエンス種
ラテン語では、Chordate Mammalia Primates Hominidae Homo sapiens (属と種名はイタリック体表記が基本的ルール)
ヒトとチンパンジーの系統分類学上の違いは属レベルで生じます(チンパンジー属)
ところが、ヒトとウシの違いは目レベルで生じます(牛は鯨偶蹄目)
ヒトとタコの違いは門レベルで生じます(タコは軟体動物門)
進化の過程で古く分岐した生物とは上位の分類階級で別れているということです。

細菌も同様に系統分類されており(16S rRNA遺伝子の配列をベースに)、
我々が調べた腸内細菌叢も、この分類による学名で表記します。
その際、分類階級のどの階級を用いて結果を分析しても自由です。
従って、研究者によってバラバラなのです。
極端な話、肥満に対する腸内細菌叢の影響を調べる研究をしていても、
「門」のレベルで語っている研究者もいれば、「種のレベル」で語っている人がいるわけです。

この状況、少々、困りませんか?
地球上の動物を腸内細菌叢に置き換えて考えると(極端かもしれませんが)、
軟体動物と脊椎動物の比率で議論している人がいると思えば、
トノサマガエル、アフリカゾウ、ハラビロカマキリという次元で語っている人もいるわけです。
自由なので...。
しかし、私はかなり困惑し、苛立ちすら感じておりました。

そこで、自分達の目的に適した最適分類階級を決めてしまおうと思ったわけです。
我々は80匹弱のマウスのウンコを集めて、
生体への影響が大きい腸内細菌の産生する代謝産物を指標にして、
代謝産物の個体差とリンクする分類階級を探索することに挑戦しました。

つまり、我々が標的としている腸内細菌の代謝産物の研究を行うにあたり、
どの分類階級で分析すれば正しいゴールに近づき易くなるのか、
どの分類階級で分析された他人の論文データを参考として選択するべきか、
自分達で確認しようとしたわけです。

結論から述べると、
「科」より低い分類階級(つまり、科、属、種)で得た結果は、
代謝産物とリンクしていました。
門、綱、目のレベルで得た結果は、リンクしていなかったです。

もし、「私も困ってた」という研究者の方がおられましたら、ご参照下さい。
フリー・アクセスです。

BMC Microbiology 18:188, 2018
https://bmcmicrobiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12866-018-1311-8

本研究に関連するエピソードを書くとすると、これでしょうね。
筆頭著者のWakita氏は、80匹分のマウスのウンコを回収する際、
屈みこんで、排便を待ちながら1つ1つピンセットで回収するという、
丸一日におよぶ慣れない動作の繰り返しにより、
翌日、日常生活にも支障が出るレベルの強烈な全身痛に陥り、
(おそらく、足腰から背中・頸部におよぶ筋肉痛)、
飲み会を欠席しました(笑)。

01/11
2019年大相撲一月場所が始まります

初場所が始まります!

稀勢の里は出場するようですね。
稽古では貴景勝にも大勝して調子が上向きであると、
通勤中に車のラジオで聴きました。
ですが、信頼してはいけないと思います。
先場所も場所前は「優勝をねらう」とか発言していたと記憶しております。
望んではいませんが、今場所で引退もあり得るでしょう。

本人の調子も大事ではありますが、
特に、序盤に誰と対戦が組まれるかが最重要であると考えています。
そういう視点で番付表を眺めると、
対戦相手候補の中に、安心できる相手が殆どいないことに気付きます。
負けた次の日の対戦相手も大事です。
マニアックですが、審判部がどんな対戦相手を持って来るかを楽しみたいと思います。

20190111.JPG
職場にも掲示完了!
研究で脳ミソフル稼働の末に思考がストップした時に、
ふと、眺めながら春日野部屋の若い衆の名前を探すのが、私のリラックス法の一つ。
「3分で全員探すぞ!」みたいなマニアック且つ誰にも迷惑をかけない息抜き法であります。

今場所は、栃煌山幟を揚げています。
個人名、団体名、企業名と色々な贈り主の方がいますが、
バクテリア(ビフィズス菌)なのは我々の幟だけです。
是非、探してみて下さい。
幟写真コンテストも、久しぶりにやってみようかと考えています。

では、大相撲ファンの皆様、15日間、楽しみましょう!

01/08
明けましておめでとうございます

本ブログ的には、

明けまして、おめでとうんち!
本年もよろしクソ!

でしょうね。


年明け早々、当研究室の研究員TSからこんなものを頂きました。

20190108.JPG

ウンコと共に入っていたトウモロコシみたいな白い物体は、
便器を洗うブラシです。
ご丁寧に、ブラシケースまで付いておりました。

いわゆるガチャガチャでゲットしたものだそうです。

ウンコ系のガチャガチャを発見すると、
無駄遣いとわかっていても、ついついやってしまう・・・。
悲しい性ではありますが、
さすが、この研究室のメンバーです。

さて、偽物のウンコ&ブラシセットは飾っておくとして、
我々は、今年も本物のウンコと真剣に対峙して、
オリジナリティーの高い発見を目指します!!!

12/27
良いお年を

しばらく更新しておらず、一部の熱心なファンの皆様にはご心配をお掛け致しました。

体調が悪い訳ではありません。
といいますか、培養開始12時間後の大腸菌レベルに、元気であります。
(理系限定の例えですいません。凄く元気ということです。)

単に、気持ちが乗らなかったというのが正直な理由です。

この間、論文掲載も複数ありましたので、
年明けからはこれらの解説記事をはじめ、徐々に復活したいと思います。

「徐々に」というのは、こういう理由からです。
今回、わずか1ヶ月程度ですが、ブログを書く習慣を完全に途切れさせました。
すると、ネタが浮かんで来なくなったのです。
以前は、10個も20個も常にネタが私のウンコ色の脳ミソ内で湧き出ていたのに...
脳は使っていないと鈍るといわれますが、
本当にそのようです。
とても貴重な体験ができました。

使えば復活するのも我々の脳の素晴らし機能の1つです。
そういうわけでブログ脳も徐々に回復させたいと思います。

では、皆さま、良いお年を!

12/05
第25回【大相撲タマリ席ペアチケットプレゼント企画】at 2019年一月場所

恒例プレゼント企画のお知らせです。

2019年 大相撲初場所(両国国技館)
初日(1月13日 日曜日)
中日(1月20日 日曜日)
タマリ席のペアチケットです!!!

この季節、お歳暮をヨーグルトにして、応募してみるのは如何でしょうか?
経験上、非常に喜ばれます。

応募方法の詳細はこちら⇓
https://www.meitoonline.com/sumo_campaign.html

応募締切:12月20日

力士を間近で観戦できる席です。

11/21
ブロッコリーをひたすら食す

昨日紹介したようにブロッコリーが豊作です。

ブロッコリーは寒くても活動する野菜ですから、
収穫後、冷蔵保存中も活動し(栄養を使い)、品質が低下していきます。
保存できないからと畑に置いておくと、花が咲いてしまいます。

従って、できるだけ早く食べる努力をします。

でも、バレーボール大のブロッコリーが家庭に複数あったら大変です。
そもそも冷蔵スペースもありません。

必然的に、メニューはブロッコリーがメインとなります。
食べ切れなかった場合、残りを会社に持参し、昼飯として食べています。

こんな状態になります(笑)

20181121.JPG
豚肉と甘辛く炒めたものと、シーチキンとあえたサラダ
写真には載せておりませんが、ブロッコリーの茎を小さく切って入れたスープや味噌汁も飲みます。

ブロッコリーが多過ぎると、かなり顎が疲れるということに初めて気付きました。


ブロッコリーはポリアミン含量が非常に高い野菜です。
ブロッコリーは、ガンガン生長している組織である「つぼみ」そのものですから、ポリアミン含量が多いのは当然です。

おなかでポリアミンが沢山作られる環境を作り出すヨーグルトを食べ、
高ポリアミン食材ブロッコリーを多量に摂取している私は、
完璧なポリアミン・リッチ生活を送っており、
おかげ様で、ストレスフルな仕事も苦ともせず、元気に過ごしております。

11/20
2018年度版 野菜作ってます10

ブロッコリーが最盛期です。

良い出来栄えです!

201120a.JPG

7-8株植えているので、食べられずに少し放置しておくとバレーボール位の大きさになります。それでも放置していると花が咲き始めます。

さらに、蕾が大きな塊にならず、スティック状に次から次へと伸びるブロッコリー(品種名:スティックセニョール)も最盛期で、収穫しても収穫しても伸びて来ます。

従って消費がなかなか追いつきません。

今年、消費が追いつかない理由の一つは、新しい技を編み出したからです。
その技を教えてあげます。

大玉タイプの前者のブロッコリーは収穫すると基本的には終了で、その後、スティックセニョールのように脇からドンドン芽が出て来るわけはありません。
そこで、私は考えて、中心から離れた蕾の塊の一部を残して刈り取ってみたのです。
要するに、一口サイズ(やや大きめ)を残しておいたのです。

すると、残した小さな蕾が日に日に大きくなり、いつの間にやら、立派なブロッコリーに生長したのです!

両サイドに一口サイズを収穫せずに残しておくと、こんなに大きくなりました。

201120c.jpeg

この写真のブロッコリーの根本の付近に茶色い切り株のようなものが見えると思います。そこが、数週間前に1つ目をカットした場所になります。

1株から3個の巨大ブロッコリー(食用部分)を収穫することに成功したのです!